Območje parka je del evropskega ekološkega omrežja Natura 2000, namenjenega ohranjanju evropsko ogroženih vrst in habitatov. V občini Cerknica Natura 2000 pokriva 9.813 hektarjev (dobrih 40 % površine občine). Na območje parka sega 9 območij Natura 2000. Znotraj meja parka v celoti ležita dve območji Natura 2000, opredeljeni na podlagi Habitatne direktive, ter eno območje, opredeljeno na podlagi Direktive o pticah. Večja območja, kot so Krimsko hribovje – Menišija, Javorniki – Snežnik in Kočevsko, zaradi načina njihove določitve segajo na območje parka le deloma.
V okviru direktive o pticah so opredeljena tri območja Natura 2000: Cerkniško jezero in Planinsko polje, kjer varujemo predvsem mokriščne vrste ptic, kot so kosec, pisana penica, bobnarica, kostanjevka, ter območje Snežnik – Pivka, namenjeno varstvu predvsem gozdnih vrst ptic: belohrbti in triprsti detel, črna žolna in pivka, kozača, velika uharica in druge.
Na podlagi habitatne direktive je opredeljenih šest območij. Na območju Notranjskega trikotnika, ki se razteza od Križne jame preko Cerkniškega polja in Javornikov ter Rakovega Škocjana do Planinskega polja, varujemo travniške, mokriščne, podzemne habitatne tipe ter gozd in na njih vezane vrste, kot so na primer velike zveri, netopirji, človeška ribica in dvoživke. Na območju Javorniki – Snežnik varujemo predvsem ilirske bukove gozdove, velike zveri, netopirje, velikega pupka in hrošča bukovega kozlička. Kozje stene pri Slivnici in Bezuljak sta manjši območji, ki v celoti ležita znotraj parka. Kozje stene so opredeljene zaradi varstva karbonatnih skalnatih območij z vegetacijo skalnih razpok z endemitnim kranjskim jegličem, Bezuljak pa za varstvo netopirja malega podkovnjaka. Krimsko hribovje – Menišija in Kočevsko le deloma segata v park, gre pa za gozdna območja, v katerih varujemo gozdne vrste in habitatne tipe.
Varstveni ukrepi v okviru Nature 2000 niso namenjeni izključevanju človeka, temveč spodbujanju sonaravne rabe prostora, kjer se trajnostno kmetijstvo, gospodarjenje z gozdovi in turizem razvijajo v sožitju z naravo.