Živalski svet je prav tako izjemno bogat. Na območju Cerkniškega jezera je bilo opaženih več kot 300 vrst ptic. Med najpomembnejšimi vrstami, povezanimi s projektom LIFE Tršca, sta kostanjevka (Aythya nyroca) in rjavovrati ponirek (Podiceps grisegena). Poleg teh dveh vrst v parku najdemo še velikega škurha (Numenius arquata), kosca (Crex crex), čaplje (Ardea spp.), bobnarico (Botaurus stellaris), belorepca (Haliaeetus albicilla), vidro (Lutra lutra), številne dvoživke (Amphibia) ter različne vrste kačjih pastirjev (Odonata) in metuljev (Lepidoptera).
V širših gozdovih Javornikov in Menišije najdemo tudi velike zveri, kot so rjavi medved (Ursus arctos), volk (Canis lupus) in ris (Lynx lynx), kar kaže na visoko stopnjo ohranjenosti naravnega okolja. V podzemnih jamah, kot je Križna jama, pa živijo izjemno prilagojene vrste, vezane na popolno temo in stabilne pogoje kraškega podzemlja.