Kljub zelo nizki količini hranilnih snovi v vodi je Križna jama izjemno bogata po številu vrst troglobiontov, specializiranih jamskih živali. 60 troglobiontskih vrst, živečih v Križni jami, jo po biotski pestrosti uvršča med najbogatejše na svetu.
Dve živalski vrsti sta dobili ime po Križni jami (hrošček križnojamski brezokec, križnojamska belgrandiela). Poleg tega je Križna jama dom šestim vrstam vodnih polžkov, od tega trem endemitom iz rodu Belgrandiella. V večni temi Križne jame med drugimi živijo tudi drobnovratnik, prvi opisani jamski hrošč na svetu, jamska mokrica, jamski pajek in kapniška slepa postranica.
Na vhodnem delu Križne jame najdejo zavetje tudi druge živali, med njimi jamski pedici in jamske kobilice, nekoliko globlje pa počivajo netopirji podkovnjaki.
| Število troglobiontskih vrst: | 60 |
| Število endemitov: | 3 |
| Število vrst, opisanih iz križne jame: | 2 |